Jeanne chào đời tại Saint-Germain-en-Laye, Yvelines vào ngày 7 tháng 1 năm 1528, là con gái của Quốc vương Henry II xứ Navarra và Vương hậu Marguerite xứ Angouleme. Marguerite là chị của François của Pháp, do đó Jeanne lớn lên trong triều đình Pháp. Ở tuổi lên 2, người cậu Francois đã đưa Jeanne đến Château de Plessis-lèz-Tours trong Loire Valley (Touraine), sống tách khỏi cha mẹ của bà. Jeanne thụ hưởng một nền giáo dục hoàn hảo, được giám hộ bởi Nhà nhân chủng học Nicholas Bourbon. Charles V, Hoàng đế La Mã Thần Thánh đã yêu cầu hứa hôn bà với con trai của ông, Phillip để giải quyết những vấn đề với Vương quốc Navarra.

Năm 1541, ở tuổi 13, Quốc vương François của Pháp gả bà cho Phú gia William, Công tước Jülich-Cleves-Berg, anh trai của Anne của Cleves, vợ thứ tư của Henry VIII của Anh; nhưng cuộc hôn nhân vì chính trị này bị hủy bỏ bốn năm sau đó.

Năm 1547, sau khi François qua đời và Henry II lên kế vị, Jeanne kết hôn với Antoine de Bourbon, người sẽ thừa kế ngai vàng Pháp nếu Nhà Valois bị tuyệt tự. Buổi hôn lễ diễn ra ngày 20 tháng 10, năm 1548 tại Moulins, Bourbonnais. Cuộc hôn nhân đã hợp thức hóa công cuộc thống nhất các miền đất địa phương thuộc miền Bắc và miền Nam nước Pháp.